本协会的宗旨是发挥行业服务、协调、自律、维权、监督、管理等作用，真正为我国人民的健康服务。协会的主要任务是组建全国的肛肠科医师网络系统，在系统内建立行规、行约，展开技术培训、医疗援助，表彰优秀医师等。协会将每年举办一届年会，通过这一平台来交流医学思想，探讨医学疑难，共享医学成果。协会还将筹办网站并在条件成熟是筹办专业杂志。

　　协会为委员会制，设会长、副会长、常委、委员和总干事等，每届任期三年。协会的最高权力机构为全国会员代表大会，每三年召开一届，凡具有医师资质的肛肠从业者均可申请个人会员。协会的日常办事机构为执行委员会。

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